培養基在水產養殖方面表現突出，首先作為營養類物質，很早就有人開始研究在養殖業用微生物作為營養的來源，現代的發酵工藝和微生物學也讓這樣的微生物餌料來源大批量生產成為了可能。有相關的學者做實驗后得出結論，百分之九十八各種形態的細菌都能被刺身所吸收并且消化。細菌飼料的能量和營養與碎屑餌料的水平相當，完全可以確保幼參的新陳代謝。而飼料酵母中富含很多水產動物需要的微量元素和維生素，已經成為魚蝦等人工配比餌料中重要的添加劑。專家在調配蝦餌料的過程中將部分魚粉替換成飼料酵母，該種餌料與傳統飼料相比，提高了蝦的產量以及成活率。我國關于貝類的生產處于逐步發展的狀態，但養殖過程中卻沒有做到單細胞的藻類飼料的充分使用，養殖場往往會以蛋黃等來代替藻類飼料。這樣雖然在一定程度上滿足了養殖動物生長繁殖中的營養需求，不過會使養殖池的水質造成一定程度上的破壞，形成育苗效果不理想的后果；其次做為疾病預防和控制來講，效果極為顯著。微生物是很多疾病最重要的引發者。除了細菌之外，能夠引發疾病的還有霉菌、病毒等。想要防治疾病，除了要保持優良的水質，并采用抗生素以外，疫苗的免疫接種也是防治細菌疾病和病毒疾病的有效措施。在實際的水產養殖中，弧菌疫苗對于多種魚類疾病的防范和治療能夠產生非常良好的效果。魚類疫苗主要的給予方式有噴霧、浸浴等等。目前有很多人在嘗試用微生物促使無脊椎的動物提高自身的免疫力。有人用減毒疫苗以口服和注射的方式對鮑魚進行接種和免疫。所得到的結果是經過免疫的鮑魚要比未經免疫的鮑魚在成活率上提高了百分之五十以上。這讓我們相信在大規模的水產養殖和生產中，采用培養基培養出來的微生物預防病害發生是十分有效的。